Выявление потенциальных событий рекомбинации в нуклеотидных последовательностях вируса клещевого энцефалита с помощью компьютерных программ
| Авторы: | А. И. Парамонов, Ю. П. Джиоев, Т. В. Дёмина, Ю. С. Букин, И. В. Козлова, А. А. Приставка, В. П. Саловарова |
| Аннотация: | Охарактеризован ряд компьютерных методов для детекции рекомбинации у РНК геномных вирусов. Показано наличие рекомбинации у вируса клещевого энцефалита и дана оценка применимости различных методов обнаружения рекомбинации к этому объекту. |
| Ключевые слова: | компьютерные программы для определения рекомбинации, геномы флавивирусов, вирус клещевого энцефалита, рекомбинация |
| УДК: | 004.94, 004.738.5, 577 |
| Литература: |
1. Амосов А. Д. Клещевой энцефалит : Информационно-методическое пособие / А. Д. Аммосов. – Кольцово : Ин-т средств мед. диагностики ЗАО «Вектор-Бест», 2006. – 115 с. 2. Белоусов Е. В. Некоторые аспекты нерепликативной рекомбинации между фрагментами геномной РНК вируса полиомиелита : автореф. дис. … канд. биол. наук / Е. В. Белоусов. – М., 2002. – 167 с. 3. Карганова Г. Г. Механизмы микроэволюции вируса клещевого энцефалита : дис. … канд. биол. наук / Г. Г. Карганова. – М., 2009. – 389 с. 4. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита / В. И. Злобин [и др.]. – Иркутск : РИО ВСНЦ СО РАМН, 2003. – 272 с. 5. Филдс Б. Вирусология / Б. Филдс, Д. Найн, Ф. Мэрфи. – М. : Мир, 1989. – Т. 1. – 496 с. 6. A modified bootscan algorithm for automated identification of recombinant sequences and recombination breakpoints / D. P. Martin // AIDS Res. Hum. Retroviruses. – 2005. – P. 98–102. 7. Edward C. Н. Phylogenetic Evidence for Recombination in Dengue Virus / C. Н. Edward, M. Worobey, A. Rambaut // Mol. Biol. Evol. – 1999. – Vol. 16, N 3. – P. 405–409. 8. Gibbs M. J. Sister-Scanning: a Monte Carlo procedure for assessing signals in recombinant sequences / M. J. Gibbs, J. S. Armstrong, A. J. Gibbs // Bioinformatics. – 2000. – Vol. 16. – P. 573–582. 9. Martin D. RDP: detection of recombination amongst aligned sequences / D. Martin, E. Rybicki // Bioinformatics. – 2000. – Vol. 16. – P. 562–563. 10. McGuire G. TOPAL 2.0: Improved detection of mosaic sequences within multiple alignments / G. McGuire, F. Wright // Bioinformatics. – 2000. – Vol. 16. – P. 130–134. 11. Padidam M. Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination // M. Padidam, S.Sawyer, C. M. Fauquet // Virology. – 1999. – Vol. 265. – P. 218–225. 12. Posada D. Evaluation of methods for detecting recombination from DNA sequences: Computer simulations / D. Posada, K. A. Crandall // Proc. Natl. Acad. Sci. – 2001. – Vol. 98. – P. 13757–13762. 13. Recombination patterns in aphthoviruses mirror those found in other picornaviruses / L. Heath [et al.] // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – P. 11827–11832. 14. Smith M. J. Analyzing the mosaic structure of genes / M. J. Smith // J. Mol. Evol. – 1992. – Vol. 34. – Р. 126–129. 15. TOPALi: Software for Automatic Identification of Recombinant Sequences within DNA Multiple Alignments // I. Milne [et al.] // Bio |