«Биология. Экология» 2011 4

Характеристика состава микробных сообществ и оценка качества вод с помощью системы праймеров разного уровня специфичности

Авторы: Н. Л. Белькова, Е. Б. Матюгина, Е. В. Дзюба, Н. Н. Деникина, Е. В. Суханова, М. П. Белых
Аннотация:

Комплексный анализ гетеротрофного микробного сообщества в разных лимнических зонах оз. Арахлей в Забайкальском крае в период ранневесенней и летней стратификации позволил установить трофическую устойчивость и основную роль доминирующих гетеротрофов. Показано, что в водоёме в период перехода от гомотермии к стратификации минорные формы находятся в некультивируемом состоянии и не участвуют в основных метаболических циклах. По результатам молекулярно-генетического анализа состава микробных сообществ с помощью системы праймеров разного уровня специфичности и культивирования на селективных питательных средах определён спектр индикаторных гетеротрофных микроорганизмов для оценки качества вод оз. Арахлей.
Ключевые слова: качество воды, гетеротрофные микроорганизмы, оз. Арахлей, молекулярно-генетический анализ, система праймеров
УДК: 579.68, 577.2.08
Литература: 1. Белькова Н. Л. Введение в молекулярную экологию микроорганизмов : учеб.-метод. пособие / Н. Л. Белькова, А. М. Андреева. – Ярославль : Издво ООО «Принтхаус», 2009. – 91 с.
2. Белькова Н. Л. Молекулярно-генетические методы анализа микробных сообществ / Н. Л. Белькова // Разнообразие микробных сообществ внутренних водоёмов России : учеб.-метод. пособие.– Ярославль : Принтхаус, 2009. – С. 53–63.
3. Ивано-Арахлейский заказник: природноресурсный потенциал территории / В. А. Обязов [и др.]. – Чита : Поиск, 2002. – С. 21–27.
4. Матюгина Е. Б. Микробные сообщества / Е. Б. Матюгина // Ивано-Арахлейский заказник : природно-ресурсный потенциал территории. – Чита : Поиск, 2002. – С. 75–80.
5. Михеев И. Е. Факторы риска для популяции окуня Perca fluviatilis (озеро Арахлей, Забайкальский край) / И. Е. Михеев, Е. Б. Матюгина // Изв. Самар. науч. центра РАН. – 2010. – Т. 12, № 1 (5). – С. 1317–1320.
6. Молекулярная экология как основа современной методологической базы оценки состояния окружающей среды / С. И. Беликов [и др.] // Изв. Самар. науч. центра РАН. – 2010. – Т. 12, № 1 (4). – С. 1103–1107.
7. Образование некультивируемых форм холерных вибрионов при совместном культивировании с одноклеточными водорослями и продуктами их жизнедеятельности. Холера и патогенные для человека вибрионы / С. В. Титова [и др.]. // Сб. материалов проблемной комиссии. – 2004. – № 17. – С. 37–41.
8. Руководство по медицинской микробиологии. Общая и санитарная микробиология. Кн. 1 / под ред. А. С. Лабинской, Е. Г. Волиной. – М. : Издво БИНОМ, 2008. – 1080 с.
9. Современные подходы и методология экологического мониторинга в условиях водоёма и в аквакультуре / Е. В. Дзюба [и др.] // Изв. Самар. научн. центра РАН. – 2009. – Т. 11, № 1(3). – С. 466–471.
10. Солохина Л. В. Образование покоящихся форм и изменчивость Yersinia pseudotuberculosis под воздействием сине-зелёных водорослей (цианобактерий) и их экзометаболитов / Л. В. Солохина, В. И. Пушкарева, В. Ю. Литвин // Микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. – 2001. – № 3. – С. 17–22. 11. Усманов М. Т. Характеристика гидрохимических параметров / М. Т. Усманов, В. Н. Жилин // Ивано-Арахлейский заказник: природно-ресурсный потенциал территории. – Чита : Поиск, 2002. – С. 66–70.
12. Экология микроорганизмов : учеб. для студ. вузов / А. И. Нетрусов [и др.]; ред. А. И. Нетрусов. – М. : Академия, 2004. – 272 с.
13. Aeromonas caviae keratitis associated with contact lens wear / A. Pinna [et al.] // Ophthalmology. – 2004. – Vol. 111. – P. 348–351.
14. Atlas R. Handbook of Microbiological Media / R. Atlas. – CRC Press, Inc., Boca Raton, 1993.
15. Bacteremia due to Dietzia maris in an immunocompromised patient / P. Bemer-Melchior // Clin.Infect. Dis. – 1998. – Vol. 29. – P. 1340–1341.
16. Brun E. Faglige vurderinger av behov for kontrolltiltak overfor Flavobacterium psy chrophilum i norsk lakseproduksjon / E. Brun, H. Nilsen, A. B. Olsen. – Norwegian, Oslo, 2009. – report series 13 : National Veterinary Institute. – 20 p.
17. Dale J. W. Molecular Genetics of Bacteria. 5th Edition. / J. W. Dale, S. F. Park. – Chichester : John Wiley and Sons Ltd, 2010. – 400 p.
18. Dietzia, a new genus including Dietzia maris comb. nov., formerly Rhodococcus maris / F. A. Rainey [et al.] // Int. J. Syst. Bacteriol. – 1995. – Vol. 45. – P. 32–36.
19. Donnenberg M. S. Enterobacteriaceae / M. S. Donnenberg // Principles and Practice of Infectious Diseases. – Philadelphia, Pa: Churchill Livingstone, Elsevier, 2010. – Vol. 2, N 7. – P. 2815–2833.
20. Draft ISO/DIS 4833 International Organization for Standardization, 1991.
21. Environmental Microbiology : Current technology and water application / eds.: K. Sen, N. J. Ashbolt. – Norfolk : Caister Academic Press, 2011. – 316 p.
22. Hahn M. W. The filtration-acclimatization method for isolation of an important fraction of the not eadily cultivable bacteria / M. W. Hahn, P. Stadler, L. W. Qinglong // Microbiol. Methods. – 2004. – Vol. 57. – P. 379–390.
23. Oliver J. D. The viable but nonculturable state and cellular resuscitation / J. D. Oliver // Microbial Biosystems : New Frontiers. – Atlantic Canada Soc. Microb. Ecol., Halifax, Canada, 2000. – P. 723–730.
24. PCR troubleshooting and optimization. The essential guide / eds.: S. Kennedy, N. Oswald. – Norfolk : Caister Academic Press, 2011. – 235 p.
25. Sequence similarity searching. FASTA [Electronic recourse]. URL:. http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ fasta 26. Standard Methods for the Examination of Water and Waste Water 18th ed. / Eds. A. E. Greenberg, L. S. Clesceri, A. D. Eaton. – Washington D.C. : APHA, 1992.
27. The genus Aeromonas / B. Austin [et al.]. – Chichester, U.K. : John Wiley & Sons, 1996. – 350 p.