«Биология. Экология» 2009 1

Поиск факторов, определяющих разнообразие генотипов кишечной микрофлоры черного байкальского хариуса

Авторы: Е. В. Суханова, Е. В. Дзюба, Н. Н. Деникина, О. Т. Русинек, Н. Л. Белькова
Аннотация:

Проведен поиск условий молекулярно-генетического анализа с целью получения максимального разнообразия генотипов кишечной микрофлоры рыб на примере черного байкальского хариуса. Анализировали влияние как основных методических, так и некоторых экологических факторов на разнообразие и состав полученных генотипов. Варьировали методы выделения тотальной ДНК и условия проведения полимеразной цепной реакции. Исследовали возможное влияние условий обитания (естественные водоемы и аквариумная экспозиция) и особенностей структурной и функциональной организации разных отделов кишечника рыб. Определены условия для получения максимального генетического разнообразия организмов кишечной микрофлоры черного байкальского хариуса.
Ключевые слова: микроорганизмы, кишечная микрофлора рыб, методы молекулярно-генетического анали- за, рибосомные гены, озеро Байкал
УДК: [591.429.4, 597.553.2], 534.6
Литература: 1. Адаптация методов молекулярно-генетичес-кого анализа для изучения микроорганизмов, ассо-циированных с рыбами / Н. Л. Белькова [и др.] //Биология внутренних вод. – 2008. – № 2. – С. 91–94.
2. Белькова Н. Л. Исследование микрофлорыжелудочно-кишечного тракта рыб озера Байкал:разработка эффективных методов выделения сум-марной ДНК / Н. Л. Белькова, Т. А. Ханаева,Е. В. Дзюба // Повышение эффективности исполь-зования водных биологических ресурсов : материа-лы 1-й междунар. науч.-практ. конф. – М. : Изд-воВНИРО, 2006. – С. 132–133.
3. Белькова Н. Л. Молекулярно-генетическаядетекция непатогенного генотипа Spironucleus barkhanus(Diplomonadida: Hexamitidae) в черном бай-кальском хариусе (Thymallus arcticus baicalensis Dybowski,1874) / Н. Л. Белькова, Е. В. Дзюба,Е. В. Суханова // Изв. РАН. Сер. биол. – 2008б. –Т. 35, № 2. – С. 253–256.
4. Грачев М. А. Метод выделения высокоочи-щенной ДНК для использования в полимеразнойцепной реакции / М. А. Грачев, С. Ю. Кузнецова,Т. А. Щербакова // Молекулярная биология. – 2006. –Т. 40, № 1. – С. 180–183.
5. Денисова Л. Я. Биоразнообразие бактерий наразличных глубинах южной котловины озера Бай-кал, выявленное по последовательностям 16SрРНК / Л. Я. Денисова // Микробиология. – 1999. –Т. 68, № 4. – С. 475–483.
6. Максимова Н. В. Роль моллюсков в питаниичерного байкальского хариуса (Thymallus arcticusbaicalensis) / Н. В. Максимова, Е. В. Дзюба // Чет-вертая Верещагинская Байкальская конференция :тез. докл. и стендовых сообщений (Иркутск,26 сент. – 1 окт., 2005). – Иркутск, 2005. – С. 119.
7. Тугарина П. Я. Питание и пищевые взаимо-отношения рыб Байкало-Ангарского бассейна /П. Я. Тугарина, Е. С. Купчинская. – Новосибирск :Наука, 1977. – 103 с.
8. Тугарина П. Я. Хариусы Байкала / П. Я. Ту-гарина. – Новосибирск : Наука, 1981. – 280 с.
9. Уголев А. М. Пищеварительные процессы иадаптации у рыб / А. М. Уголев, В. В. Кузьмина. –СПб. : Гидрометеоиздат, 1993. – 238 с.
10. Buller N. B. Bacteria from fish and other aquaticanimals: a practical identification manual / N. B. Buller. –Oxfordshire : CABI publishing. – 2004. – 361 p.
11. Dominance of Mycoplasma in the guts of thelong-jawed mudsucker, Gillichthys mirabilis, from fiveCalifornia salt marshes / N. Bano [et al.] // Environ.Microbiol. – 2007. – Vol. 9. – P. 2636–2641.
12. Clements K. D. An Unusual Symbiont from theGut of Surgeonfishes May Be the Largest Known Prokaryote/ K. D. Clements, S. Bullivant // J. Bacteriol. –1991. – Vol. 173, N 17. – P. 5359–5362.
13. Hansen G. H. Bacterial interaction in early lifestages of marine cold water fish / G. H. Hansen,J. A. Olafsen // Microb. Ecol. – 1999. – Vol. 38. – P. 1–26.
14. Molecular characterisation of the intestinal microbiotaof farmed Atlantic salmon (Salmo salar L.) /M. B. Hovda [et al.] // Aquaculture. – 2007. – Vol. 272. –P. 581–588.
15. Johnson R. C. The Spirochetes / R. C. Johnson //Ann. Rev. Microbiol. – 1977. – Vol. 31. – P. 89–106.
16. Moran D. Ontogenetic development of the gastrointestinalmicrobiota in the marine herbivorous fishKyphosus sydneyanus / D. Moran, S. J. Turner,K. D. Clements // Microb. Ecol. – 2005. – Vol. 49. –P. 590–597.
17. Phylogenetic analysis of intestinal microfloraindicates a novel Mycoplasma phylotype in farmed andwild salmon / W. E. Holben [et al.] // Microb. Ecol. –2002. – Vol. 44. – P. 175–185.
18. Phylogenetic Position of the Spirochetal GenusCristispira / B. J. Paster [et al.] // Appl. Environ. Microbiol.– 1996. – Vol. 62, N 3. – P. 942–946.
19. Ringo E. Lactic acid bacteria in fish: a review /E. Ringo, F.-J. Gatesoupe // Aquaculture. – 1998. –Vol. 160. – P. 177–203.
20. Sambrook J. Molecular Coning. A laboratoryManual. Vol. 2. / J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis.// Cold Spring Harbor : Cold Spring Harbor LaboratoryPress. – 1989. – 345 p.
21. The microflora of rainbow trout intestine: acomparison of traditional and molecular identification /B. Spanggaard [et al.] // Aquaculture. – 2000. –Vol. 182. – P. 1–15