Использование молекулярно-генетических методов для типирования бифидобактерий и анализ видовой архитектоники кишечного микробиоценоза у жителей промышленного города
| Авторы: | Ю. П. Джиоев, Е. Г. Ламсков, С. М. Попкова, А. Г. Леонтьева, Е. Б. Ракова, Л. В. Миронова, Г. В. Юринова, В. П. Саловарова, А. В. Ляпунов, А. А. Приставка, П. А. Медведева, А. И. Пилуева, А. С. Волокитина |
| Аннотация: | Впервые в региональной медицинской клинической практике для диагностики рода и видов бифидобактерий использован метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). Предлагаемый подход адаптирован и оптимизирован по условиям диагностических стандартов для разработки метода идентификации и типирования видов бифидобактерий в мультиплексном варианте. Полученные результаты видового типирования бифидобактерий в популяции населения промышленного города (г. Ангарск) в некоторой степени отражают сложность механизмов воздействия внешних и внутренних факторов на процессы формирования кишечного микробиоценоза, проявляющуюся в структурном разнообразии видовой архитектоники бифидобактерий в организме человека. |
| Ключевые слова: | полимеразная цепная реакция, бифидобактерии, родовая и видовая идентификация, типирование, дисбактериоз, видовая архитектоника |
| УДК: | 616-008.87-07.097.931 |
| Литература: |
1. Бондаренко. В. М. Молекулярно-генети-ческие и молекулярно биологические исследованияпредставителей родов Bifidobacterium и Lactobacillus /В. М. Бондаренко. // Вест. РАМН. – 2006. – №1. – C.18–23. 2. Методические рекомендации по микробио-логической диагностике дисбактериозов кишечникав лечебно-диагностических учреждениях армии ифлота – СПб. : СПНИИ эпидемиологии и микро-биологии имени Пастера, 1999. – 36 с. 3. Новик Г. И. Исследование биохимическихособенностей бифидобактерий на поздних стадияхразвития популяций / Г. И. Новик, Н. И. Астапович,А. А. Самарцев // Микробиология, 2001. – Т. 70,№ 4. – С. 495–502. 4. ПЦР в реальном времени. [Электронный ре-сурс]. – Режим доступа: http://www.ld.ru/catalog/rts/pcr/ realtime-pcr.html 5. Семенинский И. Ж. Молекулярные основы,принципы, алгоритм и возможности ПЦР – диагно-стики : метод. пособие. / И. Ж. Семенинский. – Ир-кутск, 1999. – 92 c. 6. Сидоренко А. В. Использование методов ге-носистематики в классификации и идентификациибактерий рода Bifidobacterium / А. В. Сидоренко //Микробиология. – 2008. – Т. 77, № 3. – С. 293–302. 7. Хавкин А. И. Эволюция представлений о ро-ли кишечной микрофлоры [Электронный ресурс]. –Режим доступа:http://www.disbak.ru. 8. Шульпекова Ю. О. О роли бифидобактерий[Электронный ресурс]. – Режим доступа:http://www.kcn.ru/ tat_ru/tet 9. Arunachalam K. D. Role of bifidobacteria in nutrition,medicine and technology / K. D. Arunachalam //Nutrit. Res. – 1999. – Vol. 19, № 10. – P. 1559–1597. 10. Kaufmann P. Identification and quantificationof Bifidobacterium species isolated from food with genus-specific 16S rRNA-targeted probes by colony hybridizationand PCR / P. Kaufmann et al. // Appl. Environ.Microbiol. – 1997. – Vol. 63. – P. 1268–1273. 11. Matsuki Т. Genus- and species-specific PCRprimers for the detection and identification of bifidobacteria/ Т. Matsuki, K. Watanabe, R. Tanaka // Curr.Issues Intest. Microbiol. – 2003. – Vol. 4. – P. 61–69. 12. Miguel G. New Real-Time Quantitative PCRProcedure for Quantification of Bifidobacteria in HumanFecal Samples / G. Miguel et al. – 2004. [Элек-тронный ресурс]. – Режим доступа:http://www.Ncbi.nlmnih.gov 13. Sakata S. Characterization of the genus Bifidobacteriumby automated ribotyping 16S rRNA genesequences / S. Sakata et al. // Microbiol. Immunol. –2006. – Vol. 50. – P. 1–10. 14. Ventura M. Identification and traicing of Bifidobacteriumsrecies by use of enterobacterial repetitiveintergenic consensus sequences / M. Ventura, V. Meylan,R. Zink // Appl. and Enviromental microbiology. –2003. – Р. 4296–4301. 15. Yeung P. S. M. Species-specific identificationof commercial probiotic strains / P. S. M. Yeung et al. //J. Dairy Sci. – 2002. – Vol. 85. – P. 1039–1051. |