journal.isu.ru

Начальная страница

Конечная страница

УДК

Раздел
     

Файл
Скачать Изменить файл

Название RU

Авторы RU

Аннотация RU
<p>Исследовано генетическое разнообразие Т4-подобных бактериофагов семейства Myoviridae в олиготрофном оз. Байкал на основе анализа гена основного капсидного белка g23. Определены последовательности 58 клонированных фрагментов гена g23. Согласно результатам BLAST-анализа, полученные нуклеотидные и выведенные аминокислотные последовательности g23 не имеют аналогов в базе данных GenBank. Выявлена группа байкальских Т4-цианофагов, поражающих пикопланктонные цианобактерии. Данные, полученные с помощью UniFrac-анализа, показали, что некультивированные T4-подобные вирусы из эвтрофированного участка оз. Байкал группируются с вирусами экосистем сходного трофического статуса. Этот факт предполагает, что трофические условия влияют на формирование вирусных популяций, в частности T4-подобных вирусов, пресноводных озёр.</p>

Ключевые слова RU

Литература RU
1. Бутина Т. В. Молекулярно-генетическая идентификация Т4-бактериофагов в озере Байкал / Т. В. Бутина, О. И. Белых, С. И. Беликов // Докл. акад. наук. - 2010. - № 433. - С. 406-409. 2. Ackermann H.-W. 5500 Phages examined in the electron microscope / H.-W. Ackermann // Arch. Vi¬rol. - 2007. - Vol. 152. - P. 227-243. 3. A conserved genetic module that encodes the major virion components in both the coliphage T4 and the marine cyanophage S-PM2 / E. Hambly [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2001. - Vol. 98. - P. 11411-11416. 4. A Guide to the Natural History of Freshwater Lake Bacteria / R. J. Newton [et al.] // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2011. - Vol. 75. - P. 14-49. 5. BLAST Assembled RefSeq Genomes [Electronic resource]. - URL: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov. 6. Comeau A. M. The capsid of the T4 phage superfamily: the evolution, diversity and structure of some of the most prevalent proteins in the biosphere / A. M. Comeau, H. M. Krisch // Mol. Biol. Evol. - 2008 - Vol. 25. - P. 1321-1332. 7. Desplats C. The diversity and evolution of the T4-type bacteriophages / C. Desplats, H. M. Krisch // Res. Microbiol. - 2003. - Vol. 154. - P. 259-267. 8. Diversity of the major capsid genes (g23) of T4-like bacteriophages in the eutrophic Lake Kotokel in East Siberia, Russia / T. V. Butina [et al.] // Arch. Microbiol. - 2013. - Vol. 195. - P. 513-520. 9. Freshwater picocyanobacteria along a trophic gradient and light quality range / L. Voros [et al.] // Hydrobiologia. - 1998. - Vol. 369-370. - P. 117-125. 10. Fuhrman J. A. Marine viruses and their biogeochemical and ecological effects / J. A. Fuhrman // Nature. - 1999. - Vol. 399. - P. 541-548. 11. Genetic diversity of T4 virioplankton, inferred from g23 gene, in Wuhan Donghu Lake / H. Z. Huang [et al.] // China Environ. Sci. - 2011. - Vol. 31. -P. 44-447 (in Chinese with English abstract). 12. GGC T4-like Genome website. [Electronic re¬source]. - URL: http://phage.ggc.edu. 13. Hall T. A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/ NT / T. A. Hall // Nucl. Acids Symp. Ser. - 1999. - Vol. 41 - P. 95-98. 14. Hamady M. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and Phylo-Chip data / M. Hamady, C. Lozupone, R. Knight // ISME J. - 2010. - Vol. 4 - P. 17-27. 15. High diversity of the viral community from an Antarctic Lake / A. Lopez-Bueno [et al.] // Science. -2009. - Vol. 326. - P. 858-861. 16. Huelsenbeck J. P. MRBAYES: Bayesian infer-enceof phylogenetic trees / J. P. Huelsenbeck, F. Ronquist // Bioinformatics. - 2001. - Vol. 17. - P. 754-755. 17. Jenkins C. A. Diversity of cyanophages infecting the heterocystous filamentous cyanobacterium Nod-ularia isolated from the brackish Baltic Sea / C. A. Jenkins, P. K. Hayes // J. Mar. Biol. Ass. UK. - 2006. - Vol. 86. - P. 529-536. 18. Limnological characteristics of the freshwater ecosystems of Byers Peninsula, Livingston Island, in maritime Antarctica / M. Toro [et al.] // Polar Biol. - 2007. - Vol. 30. - P. 635-649. 19. Lozupone C. A. Unifrac: A new phylogenetic method for comparing microbial communities / C. A. Lozupone, R. Knight // Appl. Environ. Microbiol. - 2005. - Vol. 71. - P. 8228-35. 20. Lozupone C. A. Global patterns in bacterial diversity / C. A. Lozupone, R. Knight // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2007. - Vol. 104. - P. 11436-11440. 21. Marine T4 type bacteriophages, a ubiquitous component of the dark matter of the biosphere / J. Filee [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2005. - Vol. 102. - P. 12471-12476. 22. Novel capsid genes (g23) of T4-type bacteriophages in a Japanese paddy field / T. Fujii [et al.] // Soil Biol. Biochem. - 2008. - Vol. 40 - P. 1049-1059. 23. Phylogeny of the major head and tail genes of the wide-ranging T4-type bacteriophages / F. Tetart [et al.] // J. Bacteriol. - 2001. - Vol. 183. - P. 358-366. 24. Schwalbach M. S. Viral effects on bacterial community composition in marine plankton microcosms / M. S. Schwalbach, I. Hewson, J. A. Fuhrman // Aquat. Microb. Ecol. - 2004. - Vol. 34 - P. 117-127. 25. Specific assemblages of major capsid genes (g23) of T4-type bacteriophages isolated from upland black soils in Northeast China / J. Liu [et al.] // Soil. Biol. Biochem. - 2011. - Vol. 43. - P. 1980-1984. 26. Survey of major capsid genes (g23) of T4-type bacteriophages in rice fields in Northeast China / G. Wang [et al.] // Soil Biol. Biochem. - 2009. - Vol. 41. - P. 423-427. 27. The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: metagenomic characterization of viruses within aquatic microbial samples [Electronic resource] / S. J. Williamson [et al.] // PLoS ONE. - 2008. - Vol. 3. - e1456. - URL: http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.0050016. 28. Three Prochlorococcus cyanophage genomes: signature features and ecological interpretations [Electronic resource] / M. B. Sullivan [et al.] // PLoS Biol. -2005. - Vol. 3(5) - e144. - URL: http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi %2F10.1371 %2Fjournal.pbio.0030144.

Название EN

Авторы EN

Аннотация EN
<p>Genetic diversity of T4-like bacteriophages of the family Myoviridae from oligotrophic Lake Baikal was analyzed using major capsid protein gene g23. Sequences of 58 cloned fragments of gene g23 were determined. The obtained nucleotide and deduced amino acid g23 sequences according to results BLAST-analysis had no analogs in the database GenBank. The group of Lake Baikal T4-cyanophages affecting picoplankton cyanobacteria was revealed. UniFrac analysis showed that uncultured T4-like viruses from eutrophic region of Lake Baikal tended to cluster with those from the distant lake of the same trophic status. This fact suggested that the trophic conditions affected the formation of viral populations, particularly of T4-like viruses, in freshwater environments.</p>

Ключевые слова EN

Литература EN