journal.isu.ru

Начальная страница

Конечная страница

УДК

Раздел
     

Файл
Скачать Изменить файл

Название RU

Авторы RU

Аннотация RU
<p>Мультилокусное гибридизационное зондирование в биочиповом исполнении в последнее десятилетие стало использоваться для генодиагностики возбудителей многих вирусных инфекций. В данной работе предлагается мера генетических дистанций, рассчитываемая на основе результатов мультилокусного генетического зондирования. С помощью методов компьютерного моделирования показаны границы применимости гибридизационных тестов при оценке генетических расстояний. Установлено, что на некотором временном участке независимого существования двух штаммов вирусов генетически дистанция, оценённая с помощью гибридизационго теста, возрастает по линейному закону. Показано, что для получения адекватного результата в гибридизационном тесте необходимо использовать не менее 25 зондов. Обсуждается возможность применения разработанной меры генетических расстояний в популяционных, эволюционных и эпидемических исследованиях разных вирусов.</p>

Ключевые слова RU

Литература RU
1. Букин Ю. С. Использование результатов мультилокусных гибридизационных тестов для оценки потоков генов между популяциями вируса клещевого энцефалита / Ю. С. Букин, Ю. П. Джиоев // Журн. инфекц. патологии. – 2010. – Т. 17, № 3. – С.11–15. 2. Генетическая вариабельность и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонкулеотидных зондов / Т. В. Демина [и др.] // Вопр. вирусологии. –2009. – № 3. – С. 33–42. 3. Генотипирование вируса клещевого энцефалита в природных и антропургических очагах Евразии по результатам мультилокусной гибридизации / Т. В. Демина [и др.] // Инфекции, передаваемые клещами в сибирском регионе / ред. В. В. Власов [и др.]. – Новосибирск : Изд. СО РАН, 2011.– Гл. 4. – С. 139–153. 4. Итоги скрининга геномов вируса клещевого энцефалита с помощью дифференцирующего набора олигозондов / Т. В. Демина [и др.] // Журн. инфекц. патологии. – 2010. – Т. 17, № 3. – С. 167–168. 5. Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности / М. Кимура. – М. : Мир, 1985. – 399 с. 6. Молекулярные зонды для генетического типирования вируса клещевого энцефалита / В. И. Злобин [и др.] // Вопр. вирусологии. – 2001. – № 1. – С. 16–21. 7. Рокицкий П. Ф. Биологическая статистика / П. Ф. Рокицкий. – Минск. : Высш. шк., 1973. – 320 с. 8. Свирежев Ю. М. Основы математической генетики / Ю. М. Свирежев, В. П. Песков. – М. : Наука, 1982. – 512 с. 9. Семовский С. В. Модели симпатрического видообразования в изменяющихся условиях среды / С. В. Семовский, Ю. С. Букин, Д. Ю. Щербаков // Сиб. экол. журн. – 2004. – Т. 5. – С. 621–627. 10. Специфическая реактивность кДНК – и дезоксиолигонуклеотидных зондов, комплементарных геному вируса клещевого энцефалита, с РНК штаммов различного географического происхождения / В. И. Злобин [и др.] // Вопр. вирусологии. – 1992. – № 5–6. – С. 248–252. 11. A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics / A. Vignal [et al.] // Genet. sel. evol. – 2002. – Vol. 34. – P. 275–305. 12. Bukin Yu. S. Analysis of the results of multilocus hybridization tests to estimate the population structure of tick-borne virus / Yu. S. Bukin, Yu. P. Dzhioev // X International Jena Symposium on tick-borne Diseases (USTD-X 2009). Poster presentacion-P-56 (19–21 March 2009). – 2009. – P. 134. 13. Differentiation of strains of tick-borne encephalitic virus by means of RNA-DNA hybridization / V. A. Shamanin [et al.] // J. Gen. virol. – 1990. – Vol. 71. – P. 1505–1515. 14. Genetic Flows in a Structured One-Dimensional Population: Simulation and Real Data on Baikalian Polychaetes M. Godlewskii / Ju. S. Bukin [et al.] // In Silico Biology. – 2007. – Vol. 7, N 3. – Р. 277–284. 15. Genetic variability research and genotyping of tick-borne encephalitis virus by means of desoxyoligonucleotide probes / T. V. Demina [et al.] // J. of Medical Virology. – 2010. – Vol. 82, N 6. – Р. 965–976. 16. Kimura M. Random genetic drift in multiallelic locus / M. Kimura // Evolution. – 1955. – Vol. 9, N 4. – Р. 145–159. 17. Kimura M. The average number of generation until fixation of a mutant gene in finite population / M. Kimura, T. Ohta // Genetics. – 1969. – Vol. 61. – Р. 763–771. 18. Page D. M. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach / D. M. Page, E. C. Holmes. – Blackwell : Science Ltd, 1998. – 346 p. 19. Speciation and neutral molecular evolution in one-dimensional closed population / S. V. Semovski [et al.] // International J. of Modern Physics. – 2003. – Vol. 14, N 7. – P. 973–983. 20. SSCP Is Not So Difficult: The Application and Utility of Single-Stranded Conformation Polymorphism in Evolutionary Biology and Molecular Ecology / P. Sunnucks [et al.] // Molecular Ecology. – 2000. – Vol. 9. – P. 1699–710. 21. Wen-Hsiung Li Molecular Evolution / Li Wen-Hsiung. – Sinauer Associates, Inc., 1997. – 487 p.

Название EN

Авторы EN

Аннотация EN
<p>Multilocus hybridization probing in biochips performance in the last decade has been being used for pathogens genodiagnostics of many viral infections. In this paper we propose a measure of genetic distance, calculated on the basis of multilocus genetic probing. With the help of computer simulation we show the boundaries of applicability of the hybridization tests in the evaluation of genetic distances. It was established that at certain time period of independent existence of two virus strains, the genetic distance, estimated by using hybridization test increases linearly. It is shown that to obtain adequate results in the hybridization test you must use at least 25 probes. The possibility of application of the developed measures of genetic distances in populational, evolutionary and epidemiological studies of different viruses is discussed.</p>

Ключевые слова EN

Литература EN